Aby spółka mogła zostać zgłoszona jako podatnik VAT, przedsiębiorca musi złożyć stosowne zgłoszenie rejestracyjne w odpowiednim Urzędzie Skarbowym.
Niezarejestrowanie przedsiębiorstwa lub jego wykreślenie z rejestru sprawi, że nie będzie figurowało w elektronicznej bazie podatników prowadzonej przez Ministerstwo Finansów. Jednak mimo wypisania z rejestru VAT istnieje możliwość przywrócenia podmiotu, wszystko zależy od powodu i wyjaśnień złożonych przez określony podmiot.
Od 2 stycznia rejestracja spółki w VAT w 2019 roku zmieniła się pod względem przepisów dotyczących wpisów i wyrejestrowywania podatników z rejestru VAT. Naczelnik Urzędu Skarbowego może nie dokonać rejestracji podmiotu jako podatnika VAT, jeżeli dane podane w zgłoszeniu rejestracyjnym były niezgodne z prawdą, podmiot nie istnieje lub brak jest kontaktu z pełnomocnikiem.
Rzeczywistym celem zmiany w przepisach w zakresie identyfikacji podmiotów w systemie jest wyeliminowanie przypadków działalności firm, których celem jest obrót pustymi fakturami bądź wyłudzenie zwrotu VAT.